MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Carsonella ruddii CS isolate Thao2000 chromosome

Total Repeats: 359

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018415	A	7	7	8152	8158	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018415	TAA	2	6	8168	8173	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018415	ATT	2	6	8187	8192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018415	TTA	2	6	8202	8207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018415	ATT	3	9	8222	8230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018415	T	9	9	8229	8237	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018415	ATT	2	6	10517	10522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018415	AAT	2	6	10523	10528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_018415	TTA	2	6	10537	10542	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018415	ATT	2	6	10550	10555	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018415	ATT	2	6	10557	10562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018415	A	9	9	10565	10573	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018415	T	6	6	13064	13069	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_018415	T	6	6	13074	13079	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_018415	CTA	2	6	13089	13094	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_018415	TAA	2	6	13097	13102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_018415	A	8	8	13107	13114	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_018415	ATTT	2	8	13122	13129	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018415	T	6	6	13127	13132	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_018415	A	8	8	13141	13148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_018415	TAAT	2	8	13158	13165	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018415	TAA	2	6	13170	13175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018415	A	9	9	13174	13182	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_018415	A	9	9	13188	13196	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018415	T	10	10	29054	29063	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_018415	TATT	2	8	35441	35448	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_018415	TCGT	2	8	35459	35466	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
28	NC_018415	CGG	2	6	35493	35498	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018415	ATC	2	6	35552	35557	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018415	ATG	3	9	35563	35571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_018415	A	6	6	35600	35605	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018415	ATA	2	6	35654	35659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018415	T	13	13	39014	39026	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018415	AAT	2	6	39040	39045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018415	AT	3	6	39044	39049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018415	TTTTA	2	10	39050	39059	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_018415	A	21	21	39062	39082	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_018415	TAT	2	6	39083	39088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_018415	A	8	8	39089	39096	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018415	AGT	2	6	39168	39173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_018415	ATC	2	6	39201	39206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018415	ATGA	2	8	39207	39214	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_018415	TA	3	6	39234	39239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_018415	AATT	2	8	40621	40628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_018415	ATTT	2	8	40665	40672	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_018415	TA	3	6	40684	40689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_018415	T	7	7	46322	46328	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_018415	A	6	6	46340	46345	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_018415	TAAA	2	8	46367	46374	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_018415	T	14	14	46409	46422	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_018415	A	6	6	46425	46430	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_018415	A	9	9	51964	51972	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_018415	T	9	9	51975	51983	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_018415	TTTA	2	8	51988	51995	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_018415	ATT	3	9	52000	52008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018415	T	8	8	52007	52014	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018415	TAA	2	6	52019	52024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_018415	AT	3	6	52058	52063	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_018415	TTAG	2	8	52081	52088	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_018415	TAATTT	2	12	52243	52254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018415	A	7	7	52255	52261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018415	A	8	8	52301	52308	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_018415	ATT	2	6	52311	52316	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_018415	TAT	2	6	52331	52336	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_018415	TAA	2	6	52340	52345	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_018415	ATA	2	6	52357	52362	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_018415	T	9	9	52365	52373	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_018415	T	11	11	52380	52390	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_018415	TAAA	2	8	52399	52406	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018415	A	8	8	52404	52411	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_018415	T	6	6	52412	52417	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_018415	T	6	6	52431	52436	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_018415	GTT	2	6	52437	52442	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_018415	A	7	7	56835	56841	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_018415	ATTT	2	8	56866	56873	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_018415	GTAG	2	8	60430	60437	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_018415	GGT	2	6	60464	60469	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_018415	TAA	2	6	60637	60642	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_018415	TAT	2	6	60653	60658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018415	GAT	2	6	60662	60667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018415	A	7	7	60696	60702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018415	ATTA	2	8	60714	60721	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018415	TAT	2	6	60735	60740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018415	TTA	2	6	60756	60761	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018415	T	8	8	60800	60807	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_018415	TAA	2	6	60814	60819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_018415	TCC	2	6	60841	60846	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_018415	T	6	6	60849	60854	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_018415	ATTT	2	8	60856	60863	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_018415	T	10	10	60861	60870	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_018415	TTAAT	2	10	61178	61187	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_018415	TTA	2	6	61656	61661	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_018415	AAAT	2	8	61675	61682	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_018415	A	11	11	61694	61704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_018415	T	9	9	63533	63541	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_018415	T	10	10	64491	64500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_018415	T	7	7	64506	64512	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_018415	A	7	7	64516	64522	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_018415	ATA	2	6	64529	64534	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_018415	TAA	2	6	64575	64580	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_018415	A	6	6	64584	64589	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_018415	ATAA	2	8	64621	64628	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_018415	TTA	2	6	68514	68519	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_018415	ATA	2	6	68522	68527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_018415	TA	3	6	68533	68538	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018415	A	7	7	68541	68547	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018415	TCT	2	6	68668	68673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_018415	TA	4	8	68709	68716	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018415	ATT	2	6	68785	68790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_018415	TA	3	6	68800	68805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_018415	TAA	2	6	68808	68813	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_018415	TAATTT	2	12	70476	70487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_018415	T	7	7	70503	70509	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_018415	T	7	7	70511	70517	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_018415	AATAAA	2	12	70522	70533	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_018415	T	9	9	70536	70544	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_018415	T	12	12	70548	70559	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_018415	A	10	10	70562	70571	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_018415	AT	3	6	70579	70584	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_018415	ATTT	2	8	70591	70598	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_018415	ATT	2	6	70604	70609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_018415	T	6	6	70612	70617	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_018415	ATT	2	6	70623	70628	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_018415	ATT	2	6	70635	70640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_018415	AAT	2	6	70641	70646	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_018415	A	7	7	70647	70653	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_018415	TA	5	10	70654	70663	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_018415	T	6	6	70669	70674	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_018415	ATA	2	6	70690	70695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_018415	A	7	7	70698	70704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_018415	A	6	6	70719	70724	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_018415	TA	3	6	70747	70752	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018415	TGA	2	6	70758	70763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_018415	AT	3	6	70790	70795	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_018415	TAA	2	6	70800	70805	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_018415	TTA	2	6	70819	70824	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_018415	A	7	7	70840	70846	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_018415	ATA	2	6	70859	70864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_018415	AATT	2	8	70865	70872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_018415	ATT	2	6	70876	70881	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_018415	AGT	2	6	70882	70887	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_018415	GAA	2	6	70897	70902	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_018415	ATA	2	6	70910	70915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_018415	ATTAAT	2	12	70918	70929	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_018415	TA	3	6	70945	70950	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_018415	A	7	7	72825	72831	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_018415	AT	5	10	72838	72847	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_018415	A	6	6	72893	72898	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_018415	TAAATA	2	12	72960	72971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_018415	A	9	9	72974	72982	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_018415	ATTTA	2	10	72985	72994	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_018415	ATA	2	6	72995	73000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_018415	TA	3	6	89312	89317	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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296	NC_018415	TCC	2	6	112687	112692	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
297	NC_018415	T	6	6	112709	112714	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
298	NC_018415	ATT	2	6	112715	112720	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_018415	T	7	7	112719	112725	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
300	NC_018415	TAA	2	6	112729	112734	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_018415	AATAA	3	15	112730	112744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_018415	GAC	2	6	112793	112798	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_018415	GCA	2	6	112805	112810	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
304	NC_018415	TAT	2	6	112835	112840	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
305	NC_018415	TAA	2	6	112844	112849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
306	NC_018415	TACATA	2	12	113004	113015	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
307	NC_018415	AAT	2	6	113017	113022	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_018415	T	6	6	113032	113037	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_018415	ATT	2	6	113038	113043	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
310	NC_018415	TA	3	6	113056	113061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_018415	TTC	2	6	113178	113183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
312	NC_018415	TCT	2	6	113226	113231	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_018415	ATTA	2	8	113253	113260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
314	NC_018415	ATTAA	2	10	113265	113274	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
315	NC_018415	TAA	2	6	113278	113283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
316	NC_018415	TAAT	2	8	113290	113297	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
317	NC_018415	AC	3	6	113313	113318	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
318	NC_018415	GCT	2	6	113370	113375	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
319	NC_018415	CTT	2	6	113395	113400	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
320	NC_018415	A	6	6	113415	113420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_018415	T	7	7	113426	113432	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
322	NC_018415	TCT	2	6	113443	113448	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
323	NC_018415	CTT	2	6	113482	113487	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
324	NC_018415	CA	3	6	113488	113493	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
325	NC_018415	CTG	2	6	113541	113546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
326	NC_018415	CCTT	2	8	113547	113554	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
327	NC_018415	GTT	2	6	113587	113592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
328	NC_018415	TTTTA	2	10	113633	113642	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
329	NC_018415	ATT	2	6	113717	113722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
330	NC_018415	TATAT	2	10	113735	113744	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
331	NC_018415	TA	3	6	113767	113772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
332	NC_018415	GCT	2	6	113787	113792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
333	NC_018415	GCC	2	6	113831	113836	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
334	NC_018415	A	10	10	113872	113881	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
335	NC_018415	TAT	2	6	113882	113887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
336	NC_018415	T	7	7	113891	113897	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
337	NC_018415	T	7	7	113908	113914	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
338	NC_018415	ATA	2	6	113927	113932	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
339	NC_018415	T	9	9	119311	119319	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
340	NC_018415	TTAAA	2	10	119324	119333	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
341	NC_018415	A	9	9	119347	119355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
342	NC_018415	TCG	2	6	119379	119384	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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344	NC_018415	AT	3	6	149492	149497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
345	NC_018415	A	6	6	149577	149582	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
346	NC_018415	A	6	6	149586	149591	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
347	NC_018415	ATA	2	6	149624	149629	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
348	NC_018415	GAA	2	6	149659	149664	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
349	NC_018415	GCA	2	6	149692	149697	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
350	NC_018415	TCT	2	6	149734	149739	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
351	NC_018415	TTA	2	6	149740	149745	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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353	NC_018415	T	9	9	149758	149766	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_018415	A	8	8	149767	149774	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
355	NC_018415	T	8	8	149781	149788	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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359	NC_018415	A	7	7	161490	161496	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.